《妄想破绽》将剧情背景设定在了近未来的20XX年,在这个未来世界中,随着科技的不断发展,地球资源逐渐枯竭,政治形势紧张。这时,一家以生物科技起家的新能源公司「瑞恩梅克生物科技」,研发出了分子重构技术。这一技术的问世彻底改变了世界。为了争夺这个可以点石成金的尖端科技,人类开始了漫长的战争。最终,「瑞恩梅克生物科技」将分子重构技术投入战争,彻底摧毁其他势力,取得了最终的胜利。运用分子重构技术建立起新都市。若干年后,在人类世界最后的净土上,一个看似普通的学生,化作了网络世界的“幽灵,无意中碰触了这个世界的”禁忌“,于是一段反乌托邦式冒险就此展开……